Управление реализации государственной политики в сфере профессионального образования;
Управление реализации государственной политики в сфере общего, дополнительного образования и воспитания детей;
Управление контроля и надзора в сфере образования;
Управление программно-целевого планирования, финансирования и развития инфраструктуры образования;
Отдел государственной службы, правовой, кадровой и организационной работы;
Отдел внутреннего финансового контроля и мониторинга подведомственных учреждений.